Il territorio del Comune di Lonigo fu abitato, fin dalla preistoria, da genti paleovenete come sembrano confermare i reperti archeologici rinvenuti nei pressi di Alonte.
Nel II secolo a.C. popolazioni venete in parte romanizzate, probabilmente, fraquentarano questi luoghi, mentre, sempre nello stesso periodo, è certa la presenza di coloni romani, dimostrata dalle lapidi ritrovate in località Casalino e Colombaron.
Il primo stanziamento di una popolazione permanente dovrebbe risalire al II secolo d. C. tra le attuali località di Santa Marina e San Tomà.

Quando, alla fine del IX secolo, a causa delle prime scorrerie degli Ungari, l'abitato tra Santa Marina e San Tomà fu distrutto. Parte della popolazione si rifugiò a Bagnolo e parte si insediò nel centro di Lonigo, dove fu costruito, dove oggi sorgono il Duomo e Villa Mugna, un castello,
Nel X secolo per la prima volta, viene utilizzato il nome di Lonigo (nella forma latina “Leunicus”) in un atto notarile rogato a Verona il 2 novembre 926.
Negli anni successivi compaiono in atti notarili, notizie di compravendite di terreni avvenute “in Leunigus” o di persone residenti in “Leunigus” o in “castro Leunico”.
L'origine del nome è controversa, attribuita ora alla luna, ora alla costellazione del Leone, ora alla famiglia romana Leonici de' Flavii.

Verso la fine dell'XI secolo Vicenza acquistò il territorio di Lonigo e lo mantenne fino a quando non diventò oggetto di contesa tra Guelfi e Ghibellini.
Nel 1266, dopo la morte di Ezzelino da Romano, Lonigo passò sotto il dominio di Padova e nel 1311, sotto quello degli Scaligeri fino al 1387, anno nel quale Lonigo, con tutto il vicentino, fu sottomesso alla signoria di Gian Galeazzo Visconti.
Dopo la morte di Gian Galeazzo (1402), i territori viscontei conobbero un periodo di oscurità. Le lotte e le incertezze finiro con l'intervento della Repubblica di Venezia che estense la sua influenza a tutta la terraferma veneta.
L'8 maggio 1404, con il famoso “Patto di dedizione”, Lonigo legò, per quattro secoli, il suo destino a quello della gloriosa Repubblica di San Marco.

Sotto il governo della Serenissima, Lonigo era una Podesteria autonoma, governata da un Podestà nominato direttamente dalla Dominante, privilegio condiviso, nel vicentino, con la sola città murata di Marostica.
Durante il periodo della dominazione veneziana fatti di rilievo furono: la guerra della Lega di Cambrai (1509), durante la quale Lonigo subì notevoli danni e distruzioni, e la peste (1630) a causa della quale il paese perse, a quanto si dice, ben la metà dei suoi abitanti.

Nel 1797, alla caduta della Serenissima, Lonigo con tutto il Veneto, fu ceduto , con il trattato di Campoformido stipulato da Napoleone, all'Austria.
Nel 1806 il Veneto fu aggregato al napoleonico Regno d'Italia, vassallo della Francia. Alla caduta dell'Impero napoleonico il Congresso di Vienna (1815) assegnò i territori del Governo Veneto all'Austria che, unendoli al Milanese, costituì il Regno Lombardo-Veneto, del quale Lonigo fece parte fino al 1866, anno dell'annessione al Regno d'Italia.

Sotto il governo Austriaco Lonigo conobbe un periodo di notevole prosperità e nel 1834 fu insignita da S.M. Apostolica l'Imperatore d'Austria Francesco I del titolo di Città.
L'ottocento fu il secolo di maggior splendore economico per Lonigo, sotto la spinta del Principi Giovanelli e delle più importanti famiglie si affermò l'industria, in particolare quella della seta che, accanto alla ricca agricoltura, fecero di Lonigo la piccola capitale del Basso Vicentino.